การที่จำเลยคัดค้านการถอนฟ้อง ก็เพราะจำเลยประสงค์ให้ศาลดำเนินกระบวนพิจารณาต่อไป จนกว่าศาลจะพิพากษาคดีเป็นที่สุดให้ยกฟ้องโจทก์ เพราะจำเลยต้องการเอาคำพิพากษาของศาลที่ยกฟ้องโจทก์เป็นการแสดงให้เห็นถึงความบริสุทธิ์ของจำเลย เป็นการลบล้างความเสื่อมเสียที่จำเลยถูกฟ้องกล่าวหาโดยสิ้นเชิง

 แต่การถอนฟ้องมีผลเพียงให้คดีระงับไป ปัญหาเรื่องความบริสุทธิ์ของจำเลยยังไม่ยุติ อีกอย่างหนึ่ง การถอนฟ้องเป็นเพียงตัดสิทธิ์โจทก์ไม่ให้ฟ้องจำเลยได้อีก แต่กับบุคคลอื่นที่มีอำนาจฟ้องยังอาจฟ้องจำเลยในความผิดนั้นได้อีก แต่ถ้าเป็นเรื่องที่ศาลมีคำพิพากษายกฟ้องแล้ว ไม่ว่าใครก็ตามไม่อาจฟ้องจำเลยในความผิดฐานนั้นได้อีก ดังนั้นกรณีนี้จำเลยจึงต้องคัดค้านเพราะเหตุดังกล่าว

             ผลของการถอนฟ้องคดีอาญา คือโจทก์จะนำมาฟ้องจำเลยในข้อหานี้หรือไม่ได้ ตาม ป.วิ.อาญา 
มาตรา 36 “คดีอาญาซึ่งได้ถอนฟ้องไปจากศาลแล้วจะนำมาฟ้องอีกหาได้ไม่”

             การถอนฟ้องคดีอาญา จึงทำให้สิทธินำคดีอาญามาฟ้องระงับไม่สามารถนำมาฟ้องใหม่ได้อีก ตามขั้นตอนที่กล่าวมาข้างต้นนี้